2012年9月19日早晨，怀师在与儿子南国熙讲完话后，说我累了，要休息了，随后入定坐化，此时怀师气住脉停，体软身热。弟子们心存希冀，只好宣布入定，不触碰怀师，全力护持，为怀师祈福诵经。至9月25日七日内，怀师体温和头部温度都未大变，身体柔软，体出檀香。
9月26日发觉怀师体温明显下降，遂宣布成立护持工作小组，并开始准备后事，进行修建荼毗炉等事宜。至29日怀师状况再无逆转。
9月29日下午，医生到太湖大学堂审视并确认怀师已无生命迹象，开具死亡证明书，认定怀师辞世时间为2012年9月29日下午16时26分。之后为怀师换衣时，怀师身体柔软。
9月30日晚中秋之夜在太湖大学堂进行了怀师荼毗仪式。
南师荼毗仪式结束后，弟子们经过讨论商议，在否决了就地不开炉建塔的方案后，于2012年10月5日早晨四点打开荼毗炉，看到经过荼毗后，南师的头骨完整，上面缀满各色舍利子；头骨一半呈现黄色，一半呈现蓝色；其余身体化成舍利子无数。尤其舌根呈莲花状，舌头为半透明粉红色，过去曾有此异象的据说只有鸠摩罗什法师。这是说法如雨，舌灿莲花的果报，也证明老师讲的法都是真实的，没有一句虚言。
